| 遺 産 の 名 称 | 登録年 | 種 別 | 所在位置 | 登録基準 | |
| １ | 法隆寺地域の仏教建造物群 | １９９３ | 文化遺産 | 奈良県 | １．２．４．６． |
| ２ | 姫路城 | １９９３ | 文化遺産 | 兵庫県 | １．４ |
| ３ | 白神山地 | １９９３ | 自然遺産 | 青森県、秋田県 | ２． |
| ４ | 屋久島 | １９９３ | 自然遺産 | 鹿児島県 | ２．３． |
| ５ | 古都京都の文化財 | １９９４ | 文化遺産 | 京都府、滋賀県 | ２．４． |
| ６ | 白川郷と五箇所の合掌造り集落 | １９９５ | 文化遺産 | 岐阜県、富山県 | ４．５． |
| ７ | 厳島神社 | １９９６ | 文化遺産 | 広島県 | １．２．４．６． |
| ８ | 広島平和記念碑（原爆ドーム） | １９９６ | 文化遺産 | 広島県 | ６． |
| ９ | 古都奈良の文化財 | １９９８ | 文化遺産 | 奈良県 | ２．３．４．６． |
| １０ | 日光の社寺 | １９９９ | 文化遺産 | 栃木県 | １．４．６． |
| １１ | 琉球王国のグスク及び関連遺産群 | ２０００ | 文化遺産 | 沖縄県 | ２．３．６． |
| １２ | 紀伊山地の霊場と参詣道 | ２００４ | 文化遺産 | 三重、奈良、和歌山県 | ２．３．４．６． |
| １３ | 知床 | ２００５ | 自然遺産 | 北海道 | ２．４． |
| １４ | 石見銀山遺跡とその文化的景観 | ２００６ | 文化遺産 | 島根県 | |
| １５ | 小笠原諸島 | ２０１１ | 自然遺産 | 東京都 | ４． |
| １６ | 平泉ー仏国土（浄土）を表す建築・ 庭園及び考古学的遺跡群 |
２０１１ | 文化遺産 | 岩手県 | ２．６． |
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